Exploring RNA conformational ensembles in silico: progress and challenges
本文综述了利用基于能量景观的方法和原子模拟在计算机中探索 RNA 构象集合的进展，分析了采样效率、力场精度及集合分析等关键局限，并通过具体案例展示了其影响，同时展望了结合实验数据与机器学习等新兴方向以增强预测能力。
📄 Category
molecular biology
376 篇论文
Embryonic cortical extracellular vesicles confer neuroprotection via multipathway signaling with CaMKIIα as a key mediator
该研究发现，源自小鼠胚胎皮层的小细胞外囊泡（sEVs）通过携带表面结合的 BDNF 并激活 CaMKIIα信号轴，有效增强了微管稳定性与线粒体呼吸功能，从而在体外和体内发挥显著的神经保护作用，为神经退行性疾病和衰老研究提供了新的分子策略。
Mechanistic insights into transcriptional regulation of ARHGAP36 expression identify a factor predictive of neuroblastoma survival
该研究揭示了转录因子 FOXC1 通过结合封闭染色质区域诱导 ARHGAP36 表达，进而抑制 PKA 并解除对 Hedgehog 信号通路的抑制，从而促进肿瘤进展，同时发现 ARHGAP36 的高表达可作为神经母细胞瘤患者生存率改善的预测标志物。
Regulatory landscapes and structural choreography of transcription initiation in spirochetes
该研究通过冷冻电镜分析揭示了螺旋体 RNA 聚合酶在启动子解链能力上的缺陷及其通过 CarD 蛋白的补偿机制，阐明了其独特的启动子解离模式和非特异性 DNA 结合特性，从而为理解致病螺旋体的转录调控奠定了结构基础。
Conserved sequence elements in the final exon of MDM2-eight-exon skipping event reveal a cassette regulon model of alternative splicing controlled by a distal regulatory element.
该研究通过多种实验手段证实，MDM2 基因在基因组毒性应激下发生的八外显子跳跃事件受远端终末外显子中保守序列元件的调控，从而支持了由远端元件控制的“外显子调节子（Exon Regulon）”剪接模型，为开发靶向癌症剪接变异体的疗法提供了新见解。
Aging in Fast-Forward: An Inducible SIRT6 Deficiency model as a Lens on Brain Aging and Neurodegeneration
该研究构建了一种可诱导且可逆的神经元样细胞模型，通过渐进性耗竭 SIRT6 模拟快速衰老过程，揭示了从生理性衰老到神经退行性病变的转录组动态变化，并阐明了核质运输受损等关键机制及其与阿尔茨海默病的关联。
Histone variant H2A.Z mutant suppresses the senescence-associated secretory phenotype
该研究发现，通过破坏组蛋白 H2A.Z 与 DNA 相互作用从而降低核小体稳定性的 H2A.Z R80C 突变体，能够特异性地抑制衰老细胞中 SASP 基因位点的 H3K27ac 水平，进而阻断衰老相关分泌表型（SASP）的形成，而这一效应并非源于 H2A.Z 的缺失。
Interrogating the Mechanisms of Cas9-mediated Allele Conversion
该研究通过开发 CHACR 报告细胞系，揭示了利用 Cas9 或腺嘌呤碱基编辑器靶向杂合突变可诱导等位基因转换的机制，并证明抑制 DNA-PKcs 或过表达 RAD51 可调控该过程，从而为提升修复效率提供了新策略。
Komagataella phaffii encodes two functional Pho4 transcription factors
该研究首次证实工业酵母 Komagataella phaffii 编码两个功能性的 Pho4 转录因子（Pho4A 和 Pho4B），它们虽具有部分重叠的功能，但分别在不同胁迫条件下发挥关键作用，共同构成了该菌适应多种环境压力的独特机制。
Greater Expression of DNA Repair Pathways in Sharks vs. Rays/Skates Based on Transcriptomic Analyses
转录组分析表明，与鳐鱼和鲼鱼相比，鲨鱼在四种主要 DNA 修复通路中表现出显著更高的基因表达水平，这可能赋予其更强的 DNA 损伤修复能力，从而更有效地应对海洋污染带来的基因毒性并降低患癌风险。
WITHDRAWN: The effects of estrogen on cardiac progenitor cell-derived extracellular vesicles in enhancing cardiac protection through promoting tissue repair and regeneration
该论文已被撤回，原因是作者正在纳入新数据并对稿件进行实质性修订，因此请勿将其作为参考文献引用。
Antisense oligonucleotide allele-specific targeting of EFEMP1 in a patient-derived model of Doyne honeycomb retinal dystrophy
该研究利用患者来源的诱导多能干细胞构建杜恩氏蜂窝状视网膜营养不良疾病模型，证实了针对 EFEMP1 致病突变的等位基因特异性反义寡核苷酸疗法能有效清除突变转录本，并逆转细胞外沉积和细胞内脂质积累等病理表型，为治疗该病提供了潜在的可行方案。
PARP1 Suppression Drives ROS Resistance in Aneuploid Cancer Cells
该研究发现非整倍性通过溶酶体功能障碍激活转录因子CEBPB，进而抑制PARP1表达，赋予癌细胞对活性氧介导的细胞死亡的抵抗能力并促进肿瘤转移。
Lipid Acyl Chain-Driven α-Synuclein Fibril Polymorphisms and Neuronal Pathologies
该研究揭示，与年龄相关的细胞膜脂质酰基链变化会诱导α-突触核蛋白形成具有独特刚性核心结构的纤维多态体，这些膜相关纤维比无脂纤维表现出更弱的膜结合能力但更强的神经元病理毒性，从而阐明了膜组成改变通过塑造纤维结构进而驱动神经退行性疾病的机制。
INTERPOLATION-BASED CONDITIONING OF FLOW MATCHING MODELS FOR BIOISOSTERIC LIGAND DESIGN
该论文提出了两种无需重新训练即可在推理阶段对 E(3) 等变流匹配模型进行条件控制的策略（插值 - 积分与替换引导），用于根据种子配体或片段集生成保留关键形状和药效团特征的 3D 生物电子等排分子，从而有效解决了天然产物配体跳跃、片段合并及药效团合并等药物设计任务。